มหาวิทยาลัยนเรศวร เปิดหลักสูตรการเรียนการสอนในระดับปริญญาตรี ปริญญาโทและปริญญาเอกครอบคลุมทั้งสายวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี วิทยาศาสตร์สุขภาพ มนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ โดยมีหลักสูตรการเรียนการสอนทั้งหลักสูตรภาคปกติ ภาคพิเศษ และหลักสูตรนานาชาติรวมทั้งสิ้น 184 หลักสูตร แบ่งเป็นระดับระดับประกาศนียบัตร 2 หลักสูตรระดับปริญญาตรี 76 หลักสูตร ระดับปริญญาโท 62 หลักสูตร ระดับประกาศนียบัตรชั้นสูง 1 หลักสูตร และระดับปริญญาเอก 43 หลักสูตร[7]

ปัจจุบันมหาวิทยาลัยนเรศวรมีหน่วยงานในการจัดการเรียนการสอนทั้งหมด 16 คณะ 6 วิทยาลัย (ไม่รวมบัณฑิตวิทยาลัย)[20] ดังต่อไปนี้

กลุ่มมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์

• คณะนิติศาสตร์
• คณะบริหารธุรกิจ เศรษฐศาสตร์และการสื่อสาร
• คณะมนุษยศาสตร์
• คณะศึกษาศาสตร์
• คณะสังคมศาสตร์

กลุ่มวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี

• คณะเกษตรศาสตร์ ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
• คณะโลจิสติกส์และดิจิทัลซัพพลายเชน
• คณะวิทยาศาสตร์
• คณะวิศวกรรมศาสตร์
• คณะสถาปัตยกรรมศาสตร์ ศิลปะและการออกแบบ

กลุ่มวิทยาศาสตร์สุขภาพ

• คณะทันตแพทยศาสตร์
• คณะพยาบาลศาสตร์
• คณะแพทยศาสตร์
• คณะเภสัชศาสตร์
• คณะวิทยาศาสตร์การแพทย์
• คณะสหเวชศาสตร์
• คณะสาธารณสุขศาสตร์

การก่อตั้งคณะ

ศูนย์วิทยบริการ

แต่เดิมมหาวิทยาลัยนเรศวรได้จัดตั้งศูนย์วิทยบริการเพื่อขยายเครือข่ายการเรียนการสอนในระดับบัณฑิตศึกษาไปยังจังหวัดต่าง ๆ ประกอบด้วย เชียงใหม่ แพร่ อุตรดิตถ์ เพชรบูรณ์ พิจิตร กำแพงเพชร นครสวรรค์ ตาก สุโขทัย อุทัยธานี สุพรรณบุรี และกรุงเทพมหานคร โดยมีวัตถุประสงค์ในการเสริมสร้างศักยภาพและเพิ่มพูนความรู้ให้กับผู้สนใจศึกษาต่อที่ไม่สามารถมาเรียนโดยตรงที่มหาวิทยาลัยได้ และให้บัณฑิตวิทยาลัย กำกับดูแลและควบคุมมาตรฐานการศึกษา รวมทั้งการจัดการเรียนการสอนของศูนย์วิทยบริการมหาวิทยาลัยทั้งหมด ต่อมาจึงได้จัดตั้งสถานการศึกษาต่อเนื่อง มหาวิทยาลัยนเรศวร เพื่อเป็นหน่วยงานที่รับผิดชอบศูนย์วิทยบริการโดยเฉพาะ[22]

ต่อมาในการประชุมคณะกรรมการสภามหาวิทยาลัยเมื่อวันที่ 13 พฤศจิกายน พ.ศ. 2554 ได้มีมติให้ปิดศูนย์วิทยบริการ และปิดหลักสูตรการเรียนการสอนของศูนย์วิทยบริการทั้งหมดเมื่อนิสิตในปัจจุบันสำเร็จการศึกษาแล้ว และให้ดำเนินการจัดการศึกษานอกสถานที่ตั้งเพียง 2 หลักสูตร คือ หลักสูตรเภสัชศาตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเภสัชกรรมชุมชน (จัดการเรียนการสอนโดยคณะเภสัชศาสตร์ ณ เภสัชสมาคมแห่งประเทศไทย ในพระราชูปถัมภ์) และหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการคลังและการบริหารหลักประกันสุขภาพ (หลักสูตรนานาชาติ) (จัดการเรียนการสอนโดยคณะแพทยศาสตร์ ณ สำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ (สปสช.))[23] และในการประชุมคณะกรรมการสภามหาวิทยาลัยเมื่อวันที่ 4 พฤศจิกายน พ.ศ. 2555 ได้มีมติปิดสถานที่จัดการเรียนการสอน ณ สำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติอีกแห่งหนึ่ง คงเหลือแต่เภสัชสมาคมแห่งประเทศไทย ในพระราชูปถัมภ์เพียงแห่งเดียว[24]